Quy định mới về thuế GTGT với nông sản chưa qua chế biến từ 1/1/2026

Ngày 31/12/2025, Chính phủ ban hành Nghị định số 359/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế GTGT. Một trong những nội dung đáng chú ý là việc bổ sung khoản 1b vào Điều 4 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, làm rõ cách áp dụng thuế GTGT đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.

Theo quy định mới, sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ sơ chế thông thường sẽ được áp dụng ba cơ chế thuế khác nhau, tùy thuộc vào đối tượng bán, đối tượng mua và phương pháp tính thuế GTGT.

Thứ nhất, trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Cụ thể, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi bán nông sản chưa qua chế biến cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Tuy nhiên, điểm đáng lưu ý là vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, qua đó bảo đảm nguyên tắc trung lập của thuế và tránh đánh thuế trùng trong chuỗi lưu thông.

Thứ hai, áp dụng thuế suất GTGT 5% đối với trường hợp bên bán là doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, nhưng bên mua là hộ kinh doanh, cá nhân sản xuất – kinh doanh hoặc các tổ chức, cá nhân khác. Khi đó, thuế GTGT phải nộp được xác định theo công thức: Giá tính thuế GTGT nhân với thuế suất 5%, theo quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Quy định này nhằm bảo đảm thu ngân sách đối với các giao dịch bán lẻ, tiêu thụ cuối cùng hoặc bán cho các chủ thể không thực hiện khấu trừ thuế.

Thứ ba, tính thuế GTGT theo tỷ lệ 1% trên doanh thu đối với các chủ thể nộp thuế theo phương pháp trực tiếp, bao gồm hộ, cá nhân sản xuất – kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và các tổ chức kinh tế khác. Trong trường hợp này, khi bán nông sản chưa qua chế biến ở khâu kinh doanh thương mại, thuế GTGT phải nộp được xác định bằng doanh thu nhân với tỷ lệ 1%.

Việc phân định rõ ba trường hợp nêu trên được đánh giá là bước điều chỉnh quan trọng, giúp thống nhất cách hiểu và cách áp dụng thuế GTGT đối với nông sản, lĩnh vực vốn có nhiều vướng mắc trong thời gian qua, đặc biệt ở khâu lưu thông thương mại giữa các chủ thể khác nhau. Đồng thời, quy định mới cũng tạo cơ sở pháp lý rõ ràng để doanh nghiệp, hợp tác xã chủ động rà soát hợp đồng, phương thức bán hàng và cách xuất hóa đơn từ thời điểm 1/1/2026.

Doanh nghiệp cần lưu ý từ 01/01/2026

Xác định đúng phương pháp tính thuế GTGT (khấu trừ hay trực tiếp) trước khi áp dụng thuế suất.

Kiểm tra tư cách pháp lý của bên mua (doanh nghiệp/HTX hay hộ, cá nhân) để áp dụng mức thuế phù hợp.

Trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu đủ điều kiện.

Rà soát hợp đồng, hóa đơn, quy trình bán hàng đối với nông sản chưa qua chế biến để tránh rủi ro sai sót khi quyết toán thuế. Đồng thời, chủ động cập nhật hướng dẫn của cơ quan thuế địa phương trong giai đoạn đầu thực hiện.